Papaín je enzýmom, ktorý bol izolovaný z tropickej rastliny zvanej papája. Ide o proteolitické enzýmy, pretože štiepi bielkoviny. Má ukľudňujúce účinky na žalúdok a napomáha tráveniu proteínov. V ľudskom tele tento enzým pôsobí na mŕtve tkanivo, zbavuje steny čriev nánosov a zatvrdlín. Aplikuje sa aj pri celiakii, chronickej hnačke a nerušenej tvorbe bielkovín.
Celkovo má papaín tiež upokojujúce účinky na žalúdočnú sliznicu a je z tohto dôvodu veľmi nápomocný pri celej škále ochorení postihujúcich tráviaci systém (žalúdočné vredy, poruchy sekrécie, edémy). Zvonka sa využíva ako podporný prostriedok pri liečbe vredov predkolenia. Vďaka svojej komerčnej hodnote je papaín zďaleka najštudovanejším zo všetkých cysteinových enzýmov.